### R code from vignette source 'CNORode-vignette.Rnw'
### Encoding: ISO8859-1

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### code chunk number 1: preliminaries
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options(width=70, useFancyQuotes="UTF-8", prompt=" ", continue="  ")


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### code chunk number 2: installCNOR (eval = FALSE)
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## source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("CNORode")


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### code chunk number 3: installMEIGOR (eval = FALSE)
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## install.packages("MEIGOR_0.99.3_svn2444.tar.gz",type="source")


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### code chunk number 4: installCNORode2
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library(CNORode)


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### code chunk number 5: quickstart
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	library(CNORode)
	model=readSIF(system.file("doc", "ToyModelMMB_FeedbackAnd.sif",
		package="CNORode"));
	cno_data=readMIDAS(system.file("doc", "ToyModelMMB_FeedbackAnd.csv",
		package="CNORode"));
	cnolist=makeCNOlist(cno_data,subfield=FALSE);


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### code chunk number 6: CNORode-vignette.Rnw:196-200
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	ode_parameters=createLBodeContPars(model, LB_n = 1, LB_k = 0.1,
		LB_tau = 0.01, UB_n = 5, UB_k = 0.9, UB_tau = 10, default_n = 3, 
		default_k = 0.5, default_tau = 1, opt_n = TRUE, opt_k = TRUE,
		opt_tau = TRUE, random = FALSE)


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### code chunk number 7: CNORode-vignette.Rnw:209-210
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	print(ode_parameters)


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### code chunk number 8: plotModelSim
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modelSim=plotLBodeModelSim(cnolist, model, ode_parameters,
 	timeSignals=seq(0,2,0.5));


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### code chunk number 9: CNORode-vignette.Rnw:247-261
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initial_pars=createLBodeContPars(model, LB_n = 1, LB_k = 0.1,
	LB_tau = 0.01, UB_n = 5, UB_k = 0.9, UB_tau = 10, random = TRUE)
#Visualize initial solution
simulatedData=plotLBodeFitness(cnolist, model,initial_pars)
paramsGA = defaultParametersGA()
paramsGA$maxStepSize = 1
paramsGA$popSize = 50
paramsGA$iter = 100
paramsGA$transfer_function = 2
	
opt_pars=parEstimationLBode(cnolist,model,ode_parameters=initial_pars,
	paramsGA=paramsGA)
#Visualize fitted solution
simulatedData=plotLBodeFitness(cnolist, model,ode_parameters=opt_pars)


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### code chunk number 10: plotInit
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	simulatedData=plotLBodeFitness(cnolist, model,initial_pars)


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### code chunk number 11: plotFinalFit_fit
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	simulatedData=plotLBodeFitness(cnolist, model,ode_parameters=opt_pars)


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### code chunk number 12: CNORode-vignette.Rnw:298-313 (eval = FALSE)
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## library(MEIGOR)
## f_hepato<-getLBodeContObjFunction(cnolist, model, initial_pars, indices=NULL,
##  time = 1, verbose = 0, transfer_function = 2, reltol = 1e-05, atol = 1e-03, 
## maxStepSize = Inf, maxNumSteps = 1e4, maxErrTestsFails = 50, nan_fac = 1)
## n_pars=length(initial_pars$LB);
## 
## problem<-list(f=f_hepato, x_L=initial_pars$LB[initial_pars$index_opt_pars],
## 	x_U=initial_pars$UB[initial_pars$index_opt_pars]);
## 
## #Source a function containing the options used in the CeSSR publication
##  source(system.file("benchmarks","get_paper_settings.R",package="MEIGOR"))
## #Set max time as 20 seconds per iteration
## opts<-get_paper_settings(20);
## Results<-CeSSR(problem,opts,Inf,Inf,3,TRUE,global_save_list=c('cnolist','model',
## 'initial_pars'))


